Po 2 val. sveiki naujagimiai kartu su mama perkeliami į vieną palatą. Sergantys ir neišnešioti perkeliami į naujagimių skyrių iš karto, kai tik stabilizuojama jų būklė. Kas rytą naujagimiai sveriami, matuojama jų kūno temperatūra (duomenys užrašomi naujagimio raidos istorijoje), juos apžiūri gydytojas neonatologas.
Visi naujagimiai (jeigu nėra kontraindikacijų ir tėvai neprieštarauja) skiepijami nuo tuberkuliozės ir hepatito B. Naujagimių imunizacija BCG (Bacille Calmette-Guerin) vakcina gali apsaugoti nuo tuberkuliozinio meningito ir kitų sunkių tuberkuliozės formų iki penkerių metų amžiaus. Imunizacija nuo hepatito B yra veiksmingas vėlesnių kepenų ligų profilaktikos būdas.
Visuotinis naujagimių tikrinimas – tai ypatingas ir labai svarbus kraujo tyrimas, kuris atliekamas visiems Lietuvoje gimusiems naujagimiams. Kraujo fenilketonurijai ir hipotirozei tirti iš naujagimio kulno imama 2–5 gyvenimo dieną, bet ne anksčiau kaip praėjus 48 val. po pirmojo maitinimo. Labai svarbu, kad tyrimas būtų atliktas pirmąją gyvenimo savaitę, nes tik laiku nustačius šiuos negalavimus galima padėti. Paimtas kraujo mėginys siunčiamas į Medicininės genetikos centrą. Kartotinai kraujo imama 14–16 gyvenimo dieną neišnešiotiems naujagimiams ar naujagimiams, kuriems nustatyta įgimta infekcija, įgimtos raidos anomalijos. Jei mama praėjus kelioms valandoms po gimdymo išvažiuoja į namus, ji įspėjama, kad kraujas tyrimams nepaimtas ir tai užfiksuojama išraše. Už kraujo paėmimą (gimdymo ar kitame stacionare, pirminėje asmens sveikatos priežiūros įstaigoje) atsakingas naujagimį prižiūrintis gydytojas. Už kortelių išsiuntimą atsakingas asmens sveikatos priežiūros įstaigos įgaliotas asmuo.
Jeigu tyrimo rezultatai neigiami, t. y. liga neįtariama, apie juos tėvai neinformuojami. Jeigu tyrimo rezultatai teigiami, t. y. įtariama fenilketonurija ar hipotirozė, atsakingas Medicininės genetikos centro darbuotojas tėvams išsiunčia informacinį laišką su kortele. Laiške nurodoma, kad naujagimiui tyrimą dėl įgimtų medžiagų apykaitos ligų reikia kartoti ir dėl to reikia kreiptis į naujagimį prižiūrintį gydytoją.
Pirmasis naujagimio patronažas. Per pirmąsias dienas, ne vėliau kaip trečiąją dieną po naujagimio išrašymo iš gimdymo stacionaro naujagimį aplanko vaikų ligų ar šeimos gydytojas.